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We have developed a sequencing assay for determining the usage of the genotypic HIV-1 co-receptor using peripheral blood mononuclear cell (PBMC) DNA in virologically suppressed HIV-1 infected patients. Our specific aims were to (1) evaluate the efficiency of V3 sequences in B versus non-B subtypes, (2) compare the efficiency of V3 sequences and tropism prediction using whole blood and PBMCs for DNA extraction, (3) compare the efficiency of V3 sequences and tropism prediction using a single versus a triplicate round of amplification.
Svicher, V., Alteri, C., Montano, M., Nori, A., D'Arrigo, R., Andreoni, M., Angarano, G., Antinori, A., Antonelli, G., Allice, T., Bagnarelli, P., Baldanti, F., Bertoli, A., Borderi, M., Boeri, E., Bon, I., Bruzzone, B., Barresi, R., Calderisi, S., Callegaro, A., Capobianchi, M., Gargiulo, F., Castelli, F., Cauda, R., Ceccherini Silberstein, F., Clementi, M., Chirianni, A., Colafigli, M., D'Arminio Monforte, A., De Luca, A., Di Biagio, A., Di Nicuolo, G., Di Perri, G., Di Santo, F., Fadda, G., Galli, M., Gennari, W., Ghisetti, V., Costantini, A., Gori, A., Gulminetti, R., Leoncini, F., Maffongelli, G., Maggiolo, F., Maserati, R., Mazzotta, F., Meini, G., Micheli, V., Monno, L., Mussini, C., Nozza, S., Paolucci, S., Palù, G., Parisi, S., Parruti, G., Pignataro, A., Quirino, T., Re, M., Rizzardini, G., Sanguinetti, M., Santangelo, R., Scaggiante, R., Sterrantino, G., Turriziani, O., Vatteroni, M., Viscoli, C., Vullo, V., Zazzi, M., Lazzarin, A., Perno, C., Genotypic testing on HIV-1 DNA as a tool to assess HIV-1 co-receptor usage in clinical practice: results from the DIVA study group, <<INFECTION>>, 2014; 42 (1): 61-71. [doi:10.1007/s15010-013-0510-3] [http://hdl.handle.net/10807/52366]
Genotypic testing on HIV-1 DNA as a tool to assess HIV-1 co-receptor usage in clinical practice: results from the DIVA study group
We have developed a sequencing assay for determining the usage of the genotypic HIV-1 co-receptor using peripheral blood mononuclear cell (PBMC) DNA in virologically suppressed HIV-1 infected patients. Our specific aims were to (1) evaluate the efficiency of V3 sequences in B versus non-B subtypes, (2) compare the efficiency of V3 sequences and tropism prediction using whole blood and PBMCs for DNA extraction, (3) compare the efficiency of V3 sequences and tropism prediction using a single versus a triplicate round of amplification.
Svicher, V., Alteri, C., Montano, M., Nori, A., D'Arrigo, R., Andreoni, M., Angarano, G., Antinori, A., Antonelli, G., Allice, T., Bagnarelli, P., Baldanti, F., Bertoli, A., Borderi, M., Boeri, E., Bon, I., Bruzzone, B., Barresi, R., Calderisi, S., Callegaro, A., Capobianchi, M., Gargiulo, F., Castelli, F., Cauda, R., Ceccherini Silberstein, F., Clementi, M., Chirianni, A., Colafigli, M., D'Arminio Monforte, A., De Luca, A., Di Biagio, A., Di Nicuolo, G., Di Perri, G., Di Santo, F., Fadda, G., Galli, M., Gennari, W., Ghisetti, V., Costantini, A., Gori, A., Gulminetti, R., Leoncini, F., Maffongelli, G., Maggiolo, F., Maserati, R., Mazzotta, F., Meini, G., Micheli, V., Monno, L., Mussini, C., Nozza, S., Paolucci, S., Palù, G., Parisi, S., Parruti, G., Pignataro, A., Quirino, T., Re, M., Rizzardini, G., Sanguinetti, M., Santangelo, R., Scaggiante, R., Sterrantino, G., Turriziani, O., Vatteroni, M., Viscoli, C., Vullo, V., Zazzi, M., Lazzarin, A., Perno, C., Genotypic testing on HIV-1 DNA as a tool to assess HIV-1 co-receptor usage in clinical practice: results from the DIVA study group, <<INFECTION>>, 2014; 42 (1): 61-71. [doi:10.1007/s15010-013-0510-3] [http://hdl.handle.net/10807/52366]
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
