GHap: an R package for genome-wide haplotyping

Utsunomiya, Yuri T; Milanesi, Marco; Utsunomiya, Adam T. H; Ajmone Marsan, Paolo; Garcia, José F.

doi:10.1093/bioinformatics/btw356

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The GHap R package was designed to call haplotypes from phased marker data. Given user-defined haplotype blocks (HapBlock), the package identifies the different haplotype alleles (HapAllele) present in the data and scores sample haplotype allele genotypes (HapGenotype) based on HapAllele dose (i.e. 0, 1 or 2 copies). The output is not only useful for analyses that can handle multi-allelic markers, but is also conveniently formatted for existing pipelines intended for bi-allelic markers.

Utsunomiya, Y. T., Milanesi, M., Utsunomiya, A. T. H., Ajmone Marsan, P., Garcia, J. F., GHap: an R package for genome-wide haplotyping, <<BIOINFORMATICS>>, 2016; 32 (18): 2861-2-2862. [doi:10.1093/bioinformatics/btw356] [http://hdl.handle.net/10807/91442]

Autori:	Utsunomiya, Yuri T Milanesi, Marco Utsunomiya, Adam T. H Ajmone Marsan, Paolo Garcia, José F. Mostra autori esterni Nascondi autori esterni
Titolo:	GHap: an R package for genome-wide haplotyping
Digital Object Identifier (DOI):	http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw356
Data di pubblicazione:	2016
Abstract:	The GHap R package was designed to call haplotypes from phased marker data. Given user-defined haplotype blocks (HapBlock), the package identifies the different haplotype alleles (HapAllele) present in the data and scores sample haplotype allele genotypes (HapGenotype) based on HapAllele dose (i.e. 0, 1 or 2 copies). The output is not only useful for analyses that can handle multi-allelic markers, but is also conveniently formatted for existing pipelines intended for bi-allelic markers.
Lingua:	Inglese
Rivista:	BIOINFORMATICS
Citazione:	Utsunomiya, Y. T., Milanesi, M., Utsunomiya, A. T. H., Ajmone Marsan, P., Garcia, J. F., GHap: an R package for genome-wide haplotyping, <<BIOINFORMATICS>>, 2016; 32 (18): 2861-2-2862. [doi:10.1093/bioinformatics/btw356] [http://hdl.handle.net/10807/91442]
Appare nelle tipologie:	Articolo in rivista, Nota a sentenza

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http://hdl.handle.net/10807/91442

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