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Due to methodological reasons, the X-chromosome has not been featured in the major genome-wide association studies on Alzheimer’s Disease (AD). To address this and better characterize the genetic landscape of AD, we performed an in-depth X-Chromosome-Wide Association Study (XWAS) in 115,841 AD cases or AD proxy cases, including 52,214 clinically-diagnosed AD cases, and 613,671 controls. We considered three approaches to account for the different X-chromosome inactivation (XCI) states in females, i.e. random XCI, skewed XCI, and escape XCI. We did not detect any genome-wide significant signals (P ≤ 5 × 10−8) but identified seven X-chromosome-wide significant loci (P ≤ 1.6 × 10−6). The index variants were common for the Xp22.32, FRMPD4, DMD and Xq25 loci, and rare for the WNK3, PJA1, and DACH2 loci. Overall, this well-powered XWAS found no genetic risk factors for AD on the non-pseudoautosomal region of the X-chromosome, but it identified suggestive signals warranting further investigations.
Le Borgne, J., Gomez, L., Heikkinen, S., Amin, N., Ahmad, S., Choi, S. H., Bis, J., Grenier-Boley, B., Rodriguez, O. G., Kleineidam, L., Young, J., Tripathi, K. P., Wang, L., Varma, A., Campos-Martin, R., Van Der Lee, S., Damotte, V., De Rojas, I., Palmal, S., Null, N., Lipton, R., Reiman, E., Mckee, A., De Jager, P., Bush, W., Small, S., Levey, A., Saykin, A., Foroud, T., Albert, M., Hyman, B., Petersen, R., Younkin, S., Sano, M., Wisniewski, T., Vassar, R., Schneider, J., Henderson, V., Roberson, E., Decarli, C., Laferla, F., Brewer, J., Swerdlow, R., Van Eldik, L., Hamilton-Nelson, K., Paulson, H., Naj, A., Lopez, O., Chui, H., Crane, P., Grabowski, T., Kukull, W., Asthana, S., Craft, S., Strittmatter, S., Cruchaga, C., Leverenz, J., Goate, A., Kamboh, M. I., George-Hyslop, P. S., Valladares, O., Kuzma, A., Cantwell, L., Riemenschneider, M., Morris, J., Slifer, S., Dalmasso, C., Castillo, A., Küçükali, F., Peters, O., Schneider, A., Dichgans, M., Rujescu, D., Scherbaum, N., Deckert, J., Riedel-Heller, S., Hausner, L., Molina-Porcel, L., Düzel, E., Grimmer, T., Wiltfang, J., Heilmann-Heimbach, S., Moebus, S., Tegos, T., Scarmeas, N., Dols-Icardo, O., Moreno, F., Pérez-Tur, J., Bullido, M. J., Pastor, P., Sánchez-Valle, R., Álvarez, V., Boada, M., García-González, P., Puerta, R., Mir, P., Real, L. M., Piñol-Ripoll, G., García-Alberca, J. M., Royo, J. L., Rodriguez-Rodriguez, E., Soininen, H., De Mendonça, A., Mehrabian, S., Traykov, L., Hort, J., Vyhnalek, M., Thomassen, J. Q., Pijnenburg, Y. A. L., Holstege, H., Van Swieten, J., Ramakers, I., Verhey, F., Scheltens, P., Graff, C., Papenberg, G., Giedraitis, V., Boland, A., Deleuze, J., Nicolas, G., Dufouil, C., Pasquier, F., Hanon, O., Debette, S., Grünblatt, E., Popp, J., Ghidoni, R., Galimberti, D., Arosio, B., Mecocci, P., Solfrizzi, V., Parnetti, L., Squassina, A., Tremolizzo, L., Borroni, B., Nacmias, B., Spallazzi, M., Seripa, D., Rainero, I., Daniele, A., Bossù, P., Masullo, C., Rossi, G., Jessen, F., Fernandez, V., Kehoe, P. G., Frikke-Schmidt, R., Tsolaki, M., Sánchez-Juan, P., Sleegers, K., Ingelsson, M., Haines, J., Farrer, L., Mayeux, R., Wang, L., Sims, R., Destefano, A., Schellenberg, G. D., Seshadri, S., Amouyel, P., Williams, J., Van Der Flier, W., Ramirez, A., Pericak-Vance, M., Andreassen, O. A., Van Duijn, C., Hiltunen, M., Ruiz, A., Dupuis, J., Martin, E., Lambert, J., Kunkle, B., Bellenguez, C., X‐chromosome-wide association study for Alzheimer’s disease, <<MOLECULAR PSYCHIATRY>>, 2024; (N/A): N/A-N/A. [doi:10.1038/s41380-024-02838-5] [https://hdl.handle.net/10807/304072]
X‐chromosome-wide association study for Alzheimer’s disease
Due to methodological reasons, the X-chromosome has not been featured in the major genome-wide association studies on Alzheimer’s Disease (AD). To address this and better characterize the genetic landscape of AD, we performed an in-depth X-Chromosome-Wide Association Study (XWAS) in 115,841 AD cases or AD proxy cases, including 52,214 clinically-diagnosed AD cases, and 613,671 controls. We considered three approaches to account for the different X-chromosome inactivation (XCI) states in females, i.e. random XCI, skewed XCI, and escape XCI. We did not detect any genome-wide significant signals (P ≤ 5 × 10−8) but identified seven X-chromosome-wide significant loci (P ≤ 1.6 × 10−6). The index variants were common for the Xp22.32, FRMPD4, DMD and Xq25 loci, and rare for the WNK3, PJA1, and DACH2 loci. Overall, this well-powered XWAS found no genetic risk factors for AD on the non-pseudoautosomal region of the X-chromosome, but it identified suggestive signals warranting further investigations.
Le Borgne, J., Gomez, L., Heikkinen, S., Amin, N., Ahmad, S., Choi, S. H., Bis, J., Grenier-Boley, B., Rodriguez, O. G., Kleineidam, L., Young, J., Tripathi, K. P., Wang, L., Varma, A., Campos-Martin, R., Van Der Lee, S., Damotte, V., De Rojas, I., Palmal, S., Null, N., Lipton, R., Reiman, E., Mckee, A., De Jager, P., Bush, W., Small, S., Levey, A., Saykin, A., Foroud, T., Albert, M., Hyman, B., Petersen, R., Younkin, S., Sano, M., Wisniewski, T., Vassar, R., Schneider, J., Henderson, V., Roberson, E., Decarli, C., Laferla, F., Brewer, J., Swerdlow, R., Van Eldik, L., Hamilton-Nelson, K., Paulson, H., Naj, A., Lopez, O., Chui, H., Crane, P., Grabowski, T., Kukull, W., Asthana, S., Craft, S., Strittmatter, S., Cruchaga, C., Leverenz, J., Goate, A., Kamboh, M. I., George-Hyslop, P. S., Valladares, O., Kuzma, A., Cantwell, L., Riemenschneider, M., Morris, J., Slifer, S., Dalmasso, C., Castillo, A., Küçükali, F., Peters, O., Schneider, A., Dichgans, M., Rujescu, D., Scherbaum, N., Deckert, J., Riedel-Heller, S., Hausner, L., Molina-Porcel, L., Düzel, E., Grimmer, T., Wiltfang, J., Heilmann-Heimbach, S., Moebus, S., Tegos, T., Scarmeas, N., Dols-Icardo, O., Moreno, F., Pérez-Tur, J., Bullido, M. J., Pastor, P., Sánchez-Valle, R., Álvarez, V., Boada, M., García-González, P., Puerta, R., Mir, P., Real, L. M., Piñol-Ripoll, G., García-Alberca, J. M., Royo, J. L., Rodriguez-Rodriguez, E., Soininen, H., De Mendonça, A., Mehrabian, S., Traykov, L., Hort, J., Vyhnalek, M., Thomassen, J. Q., Pijnenburg, Y. A. L., Holstege, H., Van Swieten, J., Ramakers, I., Verhey, F., Scheltens, P., Graff, C., Papenberg, G., Giedraitis, V., Boland, A., Deleuze, J., Nicolas, G., Dufouil, C., Pasquier, F., Hanon, O., Debette, S., Grünblatt, E., Popp, J., Ghidoni, R., Galimberti, D., Arosio, B., Mecocci, P., Solfrizzi, V., Parnetti, L., Squassina, A., Tremolizzo, L., Borroni, B., Nacmias, B., Spallazzi, M., Seripa, D., Rainero, I., Daniele, A., Bossù, P., Masullo, C., Rossi, G., Jessen, F., Fernandez, V., Kehoe, P. G., Frikke-Schmidt, R., Tsolaki, M., Sánchez-Juan, P., Sleegers, K., Ingelsson, M., Haines, J., Farrer, L., Mayeux, R., Wang, L., Sims, R., Destefano, A., Schellenberg, G. D., Seshadri, S., Amouyel, P., Williams, J., Van Der Flier, W., Ramirez, A., Pericak-Vance, M., Andreassen, O. A., Van Duijn, C., Hiltunen, M., Ruiz, A., Dupuis, J., Martin, E., Lambert, J., Kunkle, B., Bellenguez, C., X‐chromosome-wide association study for Alzheimer’s disease, <<MOLECULAR PSYCHIATRY>>, 2024; (N/A): N/A-N/A. [doi:10.1038/s41380-024-02838-5] [https://hdl.handle.net/10807/304072]
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
