The combined impact of common and rare exonic variants in COVID-19 host genetics is currently insufficiently understood. Here, common and rare variants from whole-exome sequencing data of about 4000 SARS-CoV-2-positive individuals were used to define an interpretable machine-learning model for predicting COVID-19 severity. First, variants were converted into separate sets of Boolean features, depending on the absence or the presence of variants in each gene. An ensemble of LASSO logistic regression models was used to identify the most informative Boolean features with respect to the genetic bases of severity. The Boolean features selected by these logistic models were combined into an Integrated PolyGenic Score that offers a synthetic and interpretable index for describing the contribution of host genetics in COVID-19 severity, as demonstrated through testing in several independent cohorts. Selected features belong to ultra-rare, rare, low-frequency, and common variants, including those in linkage disequilibrium with known GWAS loci. Noteworthily, around one quarter of the selected genes are sex-specific. Pathway analysis of the selected genes associated with COVID-19 severity reflected the multi-organ nature of the disease. The proposed model might provide useful information for developing diagnostics and therapeutics, while also being able to guide bedside disease management.

Fallerini, C., Picchiotti, N., Baldassarri, M., Zguro, K., Daga, S., Fava, F., Benetti, E., Amitrano, S., Bruttini, M., Palmieri, M., Croci, S., Lista, M., Beligni, G., Valentino, F., Meloni, I., Tanfoni, M., Minnai, F., Colombo, F., Cabri, E., Fratelli, M., Gabbi, C., Mantovani, S., Frullanti, E., Gori, M., Crawley, F. P., Butler-Laporte, G., Richards, B., Zeberg, H., Lipcsey, M., Hultstrom, M., Ludwig, K. U., Schulte, E. C., Pairo-Castineira, E., Baillie, J. K., Schmidt, A., Frithiof, R., Mari, F., Renieri, A., Furini, S., Montagnani, F., Tumbarello, M., Rancan, I., Fabbiani, M., Rossetti, B., Bergantini, L., D'Alessandro, M., Cameli, P., Bennett, D., Anedda, F., Marcantonio, S., Scolletta, S., Franchi, F., Mazzei, M. A., Guerrini, S., Conticini, E., Cantarini, L., Frediani, B., Tacconi, D., Raffaelli, C. S., Feri, M., Donati, A., Scala, R., Guidelli, L., Spargi, G., Corridi, M., Nencioni, C., Croci, L., Caldarelli, G. P., Spagnesi, M., Romani, D., Piacentini, P., Bandini, M., Desanctis, E., Cappelli, S., Canaccini, A., Verzuri, A., Anemoli, V., Pisani, M., Ognibene, A., Pancrazzi, A., Lorubbio, M., Vaghi, M., Monforte, A. D., Miraglia, F. G., Mondelli, M. U., Girardis, M., Venturelli, S., Busani, S., Cossarizza, A., Antinori, A., Vergori, A., Emiliozzi, A., Rusconi, S., Siano, M., Gabrieli, A., Riva, A., Francisci, D., Schiaroli, E., Paciosi, F., Tommasi, A., Scotton, P. G., Andretta, F., Panese, S., Baratti, S., Scaggiante, R., Gatti, F., Parisi, S. G., Castelli, F., Quiros-Roldan, E., Antoni, M. D., Zanella, I., Monica, M. D., Piscopo, C., Capasso, M., Russo, R., Andolfo, I., Iolascon, A., Fiorentino, G., Carella, M., Castori, M., Aucella, F., Raggi, P., Perna, R., Bassetti, M., Biagio, A. D., Sanguinetti, M., Masucci, L., Guarnaccia, A., Valente, S., Vivo, O. D., Doddato, G., Tita, R., Giliberti, A., Mencarelli, M. A., Rizzo, C. L., Pinto, A. M., Perticaroli, V., Ariani, F., Carriero, M. L., Sarno, L. D., Alaverdian, D., Bargagli, E., Mandala, M., Giorli, A., Salerni, L., Zucchi, P., Parravicini, P., Menatti, E., Trotta, T., Giannattasio, F., Coiro, G., Lena, F., Lacerenza, L. G., Coviello, D. A., Mussini, C., Martinelli, E., Mancarella, S., Tavecchia, L., Belli, M. A., Crotti, L., Parati, G., Sanarico, M., Raimondi, F., Biscarini, F., Stella, A., Rizzi, M., Maggiolo, F., Ripamonti, D., Suardi, C., Bachetti, T., Rovere, M. T. L., Sarzi-Braga, S., Bussotti, M., Capitani, K., Dei, S., Ravaglia, S., Artuso, R., Andreucci, E., Gori, G., Pagliazzi, A., Fiorentini, E., Perrella, A., Bianchi, F., Bergomi, P., Catena, E., Colombo, R., Luchi, S., Morelli, G., Petrocelli, P., Iacopini, S., Modica, S., Baroni, S., Segala, F. V., Menichetti, F., Falcone, M., Tiseo, G., Barbieri, C., Matucci, T., Grassi, D., Ferri, C., Marinangeli, F., Brancati, F., Vincenti, A., Borgo, V., Stefania, L., Lenzi, M., Pietro, M. A. D., Vichi, F., Romanin, B., Attala, L., Costa, C., Gabbuti, A., Roberto, M., Zuccon, U., Vietri, L., Ceri, S., Pinoli, P., Casprini, P., Merla, G., Squeo, G. M., Maffezzoni, M., Bruno, R., Vecchia, M., Colaneri, M., Ludovisi, S., Marincevic-Zuniga, Y., Nordlund, J., Luther, T., Larsson, A., Hanslin, K., Gradin, A., Galien, S., Anderberg, S. B., Rosen, J., Rubertsson, S., Clohisey, S., Horby, P., Millar, J., Knight, J., Montgomery, H., Maslove, D., Ling, L., Nichol, A., Summers, C., Walsh, T., Hinds, C., Semple, M. G., Openshaw, P. J. M., Shankar-Hari, M., Ho, A., Mcauley, D., Rowan, K., Griffiths, F., Oosthuyzen, W., Meikle, J., Finernan, P., Furniss, J., Mcmaster, E., Law, A., Paterson, T., Wackett, T., Armstrong, R., Murphy, L., Fawkes, A., Clark, R., Coutts, A., Donnelly, L., Gilchrist, T., Hafezi, K., Macgillivray, L., Maclean, A., Mccafferty, S., Morrice, K., Weaver, J., Boz, C., Golightly, A., Ward, M., Mal, H., Szoor-Mcelhinney, H., Brown, A., Hendry, R., Stenhouse, A., Cullum, L., Law, D., Law, S., Law, R., Swets, M., Day, N., Taneski, F., Duncan, E., Zechner, M., Parkinson, N., Klaric, L., Bretherick, A. D., Rawlik, K., Pasko, D., Walker, S., Fourman, M. H., Russell, C. D., Richmond, A., Gountouna, E., Harrison, D., Wang, B., Wu, Y., Meynert, A., Kousathanas, A., Moutsianas, L., Yang, Z., Zhai, R., Zheng, C., Grimes, G., Shih, B., Yang, J., Shen, X., Ponting, C. P., Tenesa, A., Vitart, V., Wilson, J. F., Collier, D., Wood, S., Zak, A., Borra, C., Matharu, M., May, P., Alldis, Z., Mitchelmore, O., Bowles, R., Easthorpe, A., Bibi, F., Lancoma-Malcolm, I., Gurasashvili, J., Pheby, J., Shiel, J., Bolton, M., Patel, M., Taylor, M., Zongo, O., Ebano, P., Harding, P., Astin-Chamberlain, R., Choudhury, Y., Cox, A., Kallon, D., Burton, M., Hall, R., Blowes, S., Prime, Z., Biddle, J., Prysyazhna, O., Newman, T., Tierney, C., Kassam, J., Ostermann, M., Campos, S., Bociek, A., Lim, R., Grau, N., Jones, T. O., Whitton, C., Marotti, M., Arbane, G., Bonner, S., Hugill, K., Reid, J., Welters, I., Waugh, V., Williams, K., Shaw, D., Fernandez Roman, J., Lopez Martinez, M., Johnson, E., Waite, A., Johnson, B., Hamilton, O., Mulla, S., Mcphail, M., Smith, J., Barclay, L., Hope, D., Mcculloch, C., Mcquillan, L., Clark, S., Singleton, J., Priestley, K., Rea, N., Callaghan, M., Campbell, R., Andrew, G., Marshall, L., Mckechnie, S., Hutton, P., Bashyal, A., Davidson, N., Summers, C., Polgarova, P., Stroud, K., Pathan, N., Elston, K., Agrawal, S., Battle, C., Newey, L., Rees, T., Harford, R., Brinkworth, E., Williams, M., Murphy, C., White, I., Croft, M., Bandla, N., Gellamucho, M., Tomlinson, J., Turner, H., Davies, M., Quinn, A., Hussain, I., Thompson, C., Parker, H., Bradley, R., Griffiths, R., Scriven, J., Gill, J., Puxty, A., Cathcart, S., Salutous, D., Turner, L., Duffy, K., Puxty, K., Joseph, A., Herdman-Grant, R., Simms, R., Swain, A., Naranjo, A., Crowe, R., Sollesta, K., Loveridge, A., Baptista, D., Morino, E., Davey, M., Golden, D., Jones, J., Moreno Cuesta, J., Haldeos, A., Bakthavatsalam, D., Vincent, R., Elhassan, M., Xavier, K., Ganesan, A., Purohit, D., Abdelrazik, M., Morgan, J., Akeroyd, L., Bano, S., Warren, D., Bromley, M., Sellick, K., Gurr, L., Wilkinson, B., Nagarajan, V., Szedlak, P., Cupitt, J., Stoddard, E., Benham, L., Preston, S., Slawson, N., Bradshaw, Z., Brown, J., Caswell, M., Melling, S., Bamford, P., Faulkner, M., Cawley, K., Jeffrey, H., London, E., Sainsbury, H., Nagra, I., Nasir, F., Dunmore, C., Jones, R., Abraheem, A., Al-Moasseb, M., Girach, R., Brantwood, C., Alexander, P., Bradley-Potts, J., Allen, S., Felton, T., Manna, S., Farnell-Ward, S., Leaver, S., Queiroz, J., Maccacari, E., Dawson, D., Castro Delgado, C., Pepermans Saluzzio, R., Ezeobu, O., Ding, L., Sicat, C., Kanu, R., Durrant, G., Texeira, J., Harrison, A., Samakomva, T., Willis, H., Hopkins, B., Thrasyvoulou, L., Jackson, M., Zaki, A., Tibke, C., Bennett, S., Woodyatt, W., Kent, A., Goodwin, E., Brandwood, C., Clark, R., Smit, L., Rooney, K., Thomson, N., Rodden, N., Hughes, E., Mcglynn, D., Clark, C., Clark, P., Abel, L., Sundaram, R., Gemmell, L., Brett, M., Hornsby, J., Macgoey, P., Price, R., Digby, B., O'Neil, P., Mcconnell, P., Henderson, P., Henderson, S., Sim, M., Kennedy-Hay, S., Mcparland, C., Rooney, L., Baxter, N., Pogson, D., Rose, S., Daly, Z., Brimfield, L., Phull, M. K., Hussain, M., Pogreban, T., Rosaroso, L., Salciute, E., Grauslyte, L., Brealey, D., Wraith, E., Maccallum, N., Bercades, G., Hass, I., Smyth, D., Reyes, A., Martir, G., Clement, I. D., Webster, K., Hays, C., Gulati, A., Hodgson, L., Margarson, M., Gomez, R., Baird, Y., Thirlwall, Y., Folkes, L., Butler, A., Meadows, E., Moore, S., Raynard, D., Fox, H., Riddles, L., King, K., Kimber, S., Hobden, G., Mccarthy, A., Cannons, V., Balagosa, I., Chadbourn, I., Gardner, A., Horner, D., Mclaughlanv, D., Charles, B., Proudfoot, N., Marsden, T., Mcmorrow, L., Blackledge, B., Pendlebury, J., Harvey, A., Apetri, E., Basikolo, C., Catlow, L., Doonan, R., Knowles, K., Lee, S., Lomas, D., Lyons, C., Perez, J., Poulaka, M., Slaughter, M., Slevin, K., Taylor, M., Thomas, V., Walker, D., Harris, J., Drummond, A., Tully, R., Dearden, J., Philbin, J., Munt, S., Rishton, C., O'Connor, G., Mulcahy, M., Dobson, E., Cuttler, J., Edward, M., Rose, A., Sloan, B., Buckley, S., Brooke, H., Smithson, E., Charlesworth, R., Sandu, R., Thirumaran, M., Wagstaff, V., Cebrian Suarez, J., Kaliappan, A., Vertue, M., Nicholson, A., Riches, J., Solesbury, A., Kittridge, L., Forsey, M., Maloney, G., Cole, J., Davies, M., Davies, R., Hill, H., Thomas, E., Williams, A., Duffin, D., Player, B., Radhakrishnan, J., Gibson, S., Lyle, A., Mcneela, F., Patel, B., Gummadi, M., Sloane, G., Dormand, N., Salmi, S., Farzad, Z., Cristiano, D., Liyanage, K., Thwaites, V., Varghese, M., Meredith, M., Mills, G., Willson, J., Harrington, K., Lenagh, B., Cawthron, K., Masuko, S., Raithatha, A., Bauchmuller, K., Ahmad, N., Barker, J., Jackson, Y., Kibutu, F., Bird, S., Watson, G., Martin, J., Bevan, E., Wrey Brown, C., Trodd, D., English, K., Bell, G., Wilcox, L., Katary, A., Gopal, S., Lake, V., Harris, N., Metherell, S., Radford, E., Scriven, J., Moore, F., Bancroft, H., Daglish, J., Sangombe, M., Carmody, M., Rhodes, J., Bellamy, M., Garg, A., Kuravi, A., Virgilio, E., Ranga, P., Butler, J., Botfield, L., Dexter, C., Fletcher, J., Shanmugasundaram, P., Hambrook, G., Burn, I., Manso, K., Thornton, D., Tebbutt, J., Penn, R., Hulme, J., Hussain, S., Maqsood, Z., Joseph, S., Colley, J., Hayes, A., Ahmed, C., Haque, R., Clamp, S., Kumar, R., Purewal, M., Baines, B., Frise, M., Jacques, N., Coles, H., Caterson, J., Gurung Rai, S., Brunton, M., Tilney, E., Keating, L., Walden, A., Antcliffe, D., Gordon, A., Templeton, M., Rojo, R., Banach, D., Sousa Arias, S., Fernandez, Z., Coghlan, P., Williams, D., Jardine, C., Bewley, J., Sweet, K., Grimmer, L., Johnson, R., Garland, Z., Gumbrill, B., Phillips, C., Ortiz-Ruiz De Gordoa, L., Peasgood, E., Tridente, A., Shuker, K., Greer, S., Lynch, C., Pothecary, C., Deacon, B., Turner, K., Singh, J., Sera Howe, G., Paul, P., Gill, M., Wynter, I., Ratnam, V., Shelton, S., Naisbitt, J., Melville, J., Baruah, R., Morrison, S., Mcgregor, A., Parris, V., Mpelembue, M., Srikaran, S., Dennis, C., Sukha, A., Williams, A., Verlande, M., Holding, K., Riches, K., Downes, C., Swan, C., Rostron, A., Roy, A., Woods, L., Cornell, S., Wakinshaw, F., Creagh-Brown, B., Blackman, H., Salberg, A., Smith, E., Donlon, S., Mtuwa, S., Michalak-Glinska, N., Stone, S., Beazley, C., Pristopan, V., Nikitas, N., Lankester, L., Wells, C., Raj, A. S., Fletcher, K., Khade, R., Tsinaslanidis, G., Mcmahon, M., Fowler, S., Coventry, T., Stewart, R., Wren, L., Mwaura, E., Mew, L., Rose, A., Scaletta, D., Williams, F., Inweregbu, K., Nicholson, A., Lancaster, N., Cunningham, M., Daniels, A., Harrison, L., Hope, S., Jones, S., Crew, A., Wray, G., Matthews, J., Crawley, R., Carter, J., Birkinshaw, I., Ingham, J., Scott, Z., Howard, K., Joy, R., Roche, S., Clark, M., Purvis, S., Morrison, A., Strachan, D., Taylor, M., Clements, S., Black, K., Parmar, C., Altabaibeh, A., Simpson, K., Mostoles, L., Gilbert, K., Ma, L., Alvaro, A., Thomas, M., Faulkner, B., Worner, R., Hayes, K., Gendall, E., Blakemore, H., Borislavova, B., Goff, E., Vuylsteke, A., Mwaura, L., Zamikula, J., Garner, L., Mitchell, A., Mepham, S., Cagova, L., Fofano, A., Holcombe, H., Praman, K., Szakmany, T., Heron, A. E., Cherian, S., Cutler, S., Roynon-Reed, A., Randell, G., Convery, K., Stammers, K., Fottrell-Gould, D., Hudig, L., Keshetprice, J., Peters, M., O'Neill, L., Ray, S., Belfield, H., Mchugh, T., Jones, G., Akinkugbe, O., Tomas, A., Abaleke, E., Beech, E., Meghari, H., Yussuf, S., Bamford, A., Hairsine, B., Dooks, E., Farquhar, F., Packham, S., Bates, H., Mcparland, C., Armstrong, L., Kaye, C., Allan, A., Medhora, J., Liew, J., Botello, A., Anderson, F., Cusack, R., Golding, H., Prager, K., Williams, T., Leggett, S., Golder, K., Male, M., Jones, O., Criste, K., Marani, M., Anumakonda, V., Amin, V., Karthik, K., Kausar, R., Anastasescu, E., Reid, K., Jacqui, M., Hormis, A., Walker, R., Collier, D., Duncan, T., Uriel, A., Ustianowski, A., T-Michael, H., Bruce, M., Connolly, K., Smith, K., Partridge, R., Griffin, D., Mcdonald, M., Muchenje, N., Martin, D., Filipe, H., Eastgate, C., Jackson, C., Gratrix, A., Foster, L., Martinson, V., Stones, E., Abernathy, C., Parkinson, P., Reed, A., Prendergast, C., Rogers, P., Woodruff, M., Shokkar, R., Kaul, S., Barron, A., Collins, C., Beavis, S., Whileman, A., Dale, K., Hawes, J., Pritchard, K., Gascoyne, R., Stevenson, L., Jha, R., Lim, L., Krishnamurthy, V., Parker, R., Turner-Bone, I., Wilding, L., Reddy, A., Whiteley, S., Wilby, E., Howcroft, C., Aspinwall, A., Charlton, S., Ogg, B., Menzies, D., Pugh, R., Allan, E., Lean, R., Davies, F., Easton, J., Qiu, X., Kumar, S., Darlington, K., Houston, G., O'Brien, P., Geary, T., Allan, J., Meikle, A., Hughes, G., Balasubramaniam, M., Latham, S., Mckenna, E., Flanagan, R., Sathe, S., Davies, E., Roche, L., Chablani, M., Kirkby, A., Netherton, K., Archer, S., Yates, B., Ashbrook-Raby, C., Cole, S., Casey, M., Cabrelli, L., Chapman, S., Casey, M., Austin, P., Hutcheon, A., Whyte, C., Almaden-Boyle, C., Pattison, N., Cruz, C., Vochin, A., Kent, H., Thomas, A., Murdoch, S., David, B., Penacerrada, M., Lubimbi, G., Bastion, V., Wulandari, R., Valentine, J., Clarke, D., Serrano-Ruiz, A., Hierons, S., Ramos, L., Demetriou, C., Mitchard, S., White, K., White, N., Pitts, S., Branney, D., Frankham, J., Watters, M., Langton, H., Prout, R., Page, V., Varghes, T., Cowton, A., Kay, A., Potts, K., Birt, M., Kent, M., Wilkinson, A., Jude, E., Turner, V., Savill, H., Mccormick, J., Clark, M., Coulding, M., Siddiqui, S., Mercer, O., Rehman, H., Potla, D., Capps, N., Donaldson, D., Jones, J., Button, H., Martin, T., Hard, K., Agasou, A., Tonks, L., Arden, T., Boyle, P., Carnahan, M., Strickley, J., Adams, C., Childs, D., Rikunenko, R., Leigh, M., Breekes, M., Wilcox, R., Bowes, A., Tiveran, H., Hurford, F., Summers, J., Carter, A., Hussain, Y., Ting, L., Javaid, A., Motherwell, N., Moore, H., Millward, H., Jose, S., Schunki, N., Noakes, A., Clulow, C., Sadera, G., Jacob, R., Jones, C., Blunt, M., Coton, Z., Curgenven, H., Mohamed Ally, S., Beaumont, K., Elsaadany, M., Fernandes, K., Ali Mohamed Ali, I., Rangarajan, H., Sarathy, V., Selvanayagam, S., Vedage, D., White, M., Smith, M., Truman, N., Chukkambotla, S., Keith, S., Cockerill-Taylor, J., Ryan-Smith, J., Bolton, R., Springle, P., Dykes, J., Thomas, J., Khan, M., Hijazi, M. T., Massey, E., Croston, G., Reschreiter, H., Camsooksai, J., Patch, S., Jenkins, S., Humphrey, C., Wadams, B., Bhatia, N., Msiska, M., Adanini, O., Attwood, B., Parsons, P., Tatham, K., Jhanji, S., Black, E., Dela Rosa, A., Howle, R., Thomas, B., Bemand, T., Raobaikady, R., Saha, R., Staines, N., Daniel, A., Finn, J., Hutter, J., Doble, P., Shovelton, C., Pawley, C., Kannan, T., Hill, M., Combes, E., Monnery, S., Joefield, T., Popescu, M., Thankachen, M., Oblak, M., Little, J., Mcivor, S., Brady, A., Whittle, H., Prady, H., Chan, R., Ahmed, A., Morris, A., Gibson, C., Gordon, E., Keenan, S., Quinn, H., Benyon, S., Marriott, S., Zitter, L., Park, L., Baines, K., Lyons, M., Holland, M., Keenan, N., Young, M., Garrioch, S., Dawson, J., Tolson, M., Scholefield, B., Bi, R., Richardson, N., Schumacher, N., Cosier, T., Millen, G., Higham, A., Simpson, K., Turki, S., Allen, L., Crisp, N., Hazleton, T., Knight, A., Deery, J., Price, C., Turney, S., Tilbey, S., Beranova, E., Wright, D., Georg, L., Twiss, S., Cowton, A., Wadd, S., Postlethwaite, K., Gondo, P., Masunda, B., Kayani, A., Hadebe, B., Whiteside, J., Campbell, R., Clarke, N., Donnison, P., Trim, F., Leadbitter, I., O'Sullivan, S., Purewal, B., Bell, S., Rivers, V., O'Leary, R., Birch, J., Collins, E., Anderson, S., Hammerton, K., Andrews, E., Burns, K., Edmond, I., Salutous, D., Todd, A., Donnachie, J., Turner, P., Prentice, L., Symon, L., Runciman, N., Auld, F., Halkes, M., Mercer, P., Thornton, L., Debreceni, G., Wilkins, J., Brown, A., Crickmore, V., Subramanian, G., Marshall, R., Jennings, C., Latif, M., Bunni, L., Spivey, M., Bean, S., Burt, K., Linnett, V., Ritzema, J., Sanderson, A., Bokhari, M., Kapoor, R., Loader, D., Ayers, A., Harrison, W., North, J., Belagodu, Z., Parasomthy, R., Olufuwa, O., Gherman, A., Fuller, B., Stuart, C., Kelsall, O., Davis, C., Wild, L., Wood, H., Thrush, J., Durie, A., Austin, K., Archer, K., Anderson, P., Vigurs, C., Thorpe, C., Thomas, A., Knights, E., Boyle, N., Price, A., Kubisz-Pudelko, A., Wood, D., Lewis, A., Board, S., Pippard, L., Perry, J., Beesley, K., Rattray, A., Taylor, M., Lee, E., Lennon, L., Douglas, K., Bell, D., Boyle, R., Glass, L., Nauman Akhtar, M., Dent, K., Potoczna, D., Pearson, S., Horsley, E., Spencer, S., Phillips, C., Mullan, D., Skinner, D., Gaylard, J., Ortiz-Ruizdegordoa, L., Barber, R., Hewitt, C., Hilldrith, A., Shepardson, S., Wills, M., Jackson-Lawrence, K., Gupta, A., Easthope, A., Timlick, E., Gorman, C., Otaha, I., Gales, A., Coetzee, S., Raj, M., Peiu, M., Parris, V., Quaid, S., Watson, E., Elliott, K., Mallinson, J., Chandler, B., Turnbull, A., Quinn, A., Finch, C., Holl, C., Cooper, J., Evans, A., Collins, A., Treus Gude, E., Love, N., Van Koutrik, L., Hunt, J., Kaye, D., Fisher, E., Brayne, A., Tuckey, V., Jackson, P., Parkin, J., Brealey, D., Raith, E., Tariq, A., Houlden, H., Tucci, A., Hardy, J., Moncur, E., Highgate, J., Cowley, A., Mitra, A., Stead, R., Behan, T., Burnett, C., Newton, M., Heeney, E., Pollard, R., Hatton, J., Patel, A., Kasipandian, V., Allibone, S., Genetu, R. M., Otahal, I., O'Brien, L., Omar, Z., Perkins, E., Davies, K., Tetla, D., Pothecary, C., Deacon, B., Shelley, B., Irvine, V., Williams, S., Williams, P., Birch, J., Goodsell, J., Tutton, R., Bough, L., Winter-Goodwin, B., Kitson, R., Pinnell, J., Wilson, A., Nortcliffe, T., Wood, T., Home, M., Holdroyd, K., Robinson, M., Shaw, R., Greig, J., Brady, M., Haigh, A., Matupe, L., Usher, M., Mellor, S., Dale, S., Gledhill, L., Shaw, L., Turner, G., Kelly, D., Anwar, B., Riley, H., Sturgeon, H., Ali, A., Thomis, L., Melia, D., Dance, A., Hanson, K., Humphreys, S., Frost, I., Gopal, V., Godden, J., Holden, A., Swann, S., Clapham, M., Poultney, U., Harper, R., Rice, P., Khaliq, W., Reece-Anthony, R., Gurung, B., Moultrie, S., Odam, M., Mayer, A., Bellini, A., Pickard, A., Bryant, J., Roe, N., Sowter, J., Butcher, D., Lang, K., Taylor, J., Barry, P., Hobrok, M., Tench, H., Wolf-Roberts, R., Mcguinness, H., Loosley, R., Hawcutt, D., Rad, L., O'Malley, L., Saunderson, P., Seddon, G., Anderson, T., Rogers, N., Ruddy, J., Harkins, M., Taylor, M., Beith, C., Mcalpine, A., Ferguson, L., Grant, P., Macfadyen, S., Mclaughlin, M., Baird, T., Rundell, S., Glass, L., Welsh, B., Hamill, R., Fisher, F., Smith, T., Gregory, J., Brown, A., Rolker, S., Nothen, M. M., Fazaal, J., Keitel, V., Jensen, B., Feldt, T., Knopp, L., Schroder, J., Maj, C., Brand, F., Berger, M. M., Brenner, T., Hinney, A., Witzke, O., Bals, R., Herr, C., Ludwig, N., Walter, J., Schneider, J., Erber, J., Spinner, C. D., Wendtner, C. M., Winter, C., Protzer, U., Casadei, N., Ossowski, S., Motameny, S., Riess, O. H., Kwasniewski, M., Korotko, U., Chwialkowska, K., Niemira, M., Jaroszewicz, J., Sobala-Szczygiel, B., Puzanowska, B., Parfieniuk-Kowerda, A., Martonik, D., Moniuszko-Malinowska, A., Pancewicz, S., Zarebska-Michaluk, D., Simon, K., Pazgan-Simon, M., Mozer-Lisewska, I., Bura, M., Adamek, A., Tomasiewicz, K., Pawlowska, M., Piekarska, A., Berkan-Kawinska, A., Horban, A., Kowalska, J., Podlasin, R., Wasilewski, P., Azzadin, A., Czuczwar, M., Czaban, S., Olszewski, P., Bogocz, J., Ochab, M., Kruk, A., Uszok, S., Bielska, A., Szalkowska, A., Raczkowska, J., Sokolowska, G., Chorostowska-Wynimko, J., Jezela-Stanek, A., Rozy, A., Lechowicz, U., Polowianiuk, U., Grubczak, K., Starosz, A., Eljaszewicz, A., Izdebska, W., Kretowski, A., Flisiak, R., Moniuszko, M., Abedalthagafi, M., Alaamery, M., Massadeh, S., Fawzy, M., Albardis, H., Aljawini, N., Alsuwailm, M., Almalki, F., Mangul, S., Jung, J., Mbarek, H., Saad, C., Al-Sarraj, Y., Al-Muftah, W., Badji, R., Thani, A. A., Ismail, S. I., Common, low-frequency, rare, and ultra-rare coding variants contribute to COVID-19 severity, <<HUMAN GENETICS>>, 2022; 141 (1): 147-173. [doi:10.1007/s00439-021-02397-7] [https://hdl.handle.net/10807/302257]

Common, low-frequency, rare, and ultra-rare coding variants contribute to COVID-19 severity

Sanguinetti, Maurizio;Masucci, Luca;Baroni, Silvia;
2022

Abstract

The combined impact of common and rare exonic variants in COVID-19 host genetics is currently insufficiently understood. Here, common and rare variants from whole-exome sequencing data of about 4000 SARS-CoV-2-positive individuals were used to define an interpretable machine-learning model for predicting COVID-19 severity. First, variants were converted into separate sets of Boolean features, depending on the absence or the presence of variants in each gene. An ensemble of LASSO logistic regression models was used to identify the most informative Boolean features with respect to the genetic bases of severity. The Boolean features selected by these logistic models were combined into an Integrated PolyGenic Score that offers a synthetic and interpretable index for describing the contribution of host genetics in COVID-19 severity, as demonstrated through testing in several independent cohorts. Selected features belong to ultra-rare, rare, low-frequency, and common variants, including those in linkage disequilibrium with known GWAS loci. Noteworthily, around one quarter of the selected genes are sex-specific. Pathway analysis of the selected genes associated with COVID-19 severity reflected the multi-organ nature of the disease. The proposed model might provide useful information for developing diagnostics and therapeutics, while also being able to guide bedside disease management.
2022
Inglese
Fallerini, C., Picchiotti, N., Baldassarri, M., Zguro, K., Daga, S., Fava, F., Benetti, E., Amitrano, S., Bruttini, M., Palmieri, M., Croci, S., Lista, M., Beligni, G., Valentino, F., Meloni, I., Tanfoni, M., Minnai, F., Colombo, F., Cabri, E., Fratelli, M., Gabbi, C., Mantovani, S., Frullanti, E., Gori, M., Crawley, F. P., Butler-Laporte, G., Richards, B., Zeberg, H., Lipcsey, M., Hultstrom, M., Ludwig, K. U., Schulte, E. C., Pairo-Castineira, E., Baillie, J. K., Schmidt, A., Frithiof, R., Mari, F., Renieri, A., Furini, S., Montagnani, F., Tumbarello, M., Rancan, I., Fabbiani, M., Rossetti, B., Bergantini, L., D'Alessandro, M., Cameli, P., Bennett, D., Anedda, F., Marcantonio, S., Scolletta, S., Franchi, F., Mazzei, M. A., Guerrini, S., Conticini, E., Cantarini, L., Frediani, B., Tacconi, D., Raffaelli, C. S., Feri, M., Donati, A., Scala, R., Guidelli, L., Spargi, G., Corridi, M., Nencioni, C., Croci, L., Caldarelli, G. P., Spagnesi, M., Romani, D., Piacentini, P., Bandini, M., Desanctis, E., Cappelli, S., Canaccini, A., Verzuri, A., Anemoli, V., Pisani, M., Ognibene, A., Pancrazzi, A., Lorubbio, M., Vaghi, M., Monforte, A. D., Miraglia, F. G., Mondelli, M. U., Girardis, M., Venturelli, S., Busani, S., Cossarizza, A., Antinori, A., Vergori, A., Emiliozzi, A., Rusconi, S., Siano, M., Gabrieli, A., Riva, A., Francisci, D., Schiaroli, E., Paciosi, F., Tommasi, A., Scotton, P. G., Andretta, F., Panese, S., Baratti, S., Scaggiante, R., Gatti, F., Parisi, S. G., Castelli, F., Quiros-Roldan, E., Antoni, M. D., Zanella, I., Monica, M. D., Piscopo, C., Capasso, M., Russo, R., Andolfo, I., Iolascon, A., Fiorentino, G., Carella, M., Castori, M., Aucella, F., Raggi, P., Perna, R., Bassetti, M., Biagio, A. D., Sanguinetti, M., Masucci, L., Guarnaccia, A., Valente, S., Vivo, O. D., Doddato, G., Tita, R., Giliberti, A., Mencarelli, M. A., Rizzo, C. L., Pinto, A. M., Perticaroli, V., Ariani, F., Carriero, M. L., Sarno, L. D., Alaverdian, D., Bargagli, E., Mandala, M., Giorli, A., Salerni, L., Zucchi, P., Parravicini, P., Menatti, E., Trotta, T., Giannattasio, F., Coiro, G., Lena, F., Lacerenza, L. G., Coviello, D. A., Mussini, C., Martinelli, E., Mancarella, S., Tavecchia, L., Belli, M. A., Crotti, L., Parati, G., Sanarico, M., Raimondi, F., Biscarini, F., Stella, A., Rizzi, M., Maggiolo, F., Ripamonti, D., Suardi, C., Bachetti, T., Rovere, M. T. L., Sarzi-Braga, S., Bussotti, M., Capitani, K., Dei, S., Ravaglia, S., Artuso, R., Andreucci, E., Gori, G., Pagliazzi, A., Fiorentini, E., Perrella, A., Bianchi, F., Bergomi, P., Catena, E., Colombo, R., Luchi, S., Morelli, G., Petrocelli, P., Iacopini, S., Modica, S., Baroni, S., Segala, F. V., Menichetti, F., Falcone, M., Tiseo, G., Barbieri, C., Matucci, T., Grassi, D., Ferri, C., Marinangeli, F., Brancati, F., Vincenti, A., Borgo, V., Stefania, L., Lenzi, M., Pietro, M. A. D., Vichi, F., Romanin, B., Attala, L., Costa, C., Gabbuti, A., Roberto, M., Zuccon, U., Vietri, L., Ceri, S., Pinoli, P., Casprini, P., Merla, G., Squeo, G. M., Maffezzoni, M., Bruno, R., Vecchia, M., Colaneri, M., Ludovisi, S., Marincevic-Zuniga, Y., Nordlund, J., Luther, T., Larsson, A., Hanslin, K., Gradin, A., Galien, S., Anderberg, S. B., Rosen, J., Rubertsson, S., Clohisey, S., Horby, P., Millar, J., Knight, J., Montgomery, H., Maslove, D., Ling, L., Nichol, A., Summers, C., Walsh, T., Hinds, C., Semple, M. G., Openshaw, P. J. M., Shankar-Hari, M., Ho, A., Mcauley, D., Rowan, K., Griffiths, F., Oosthuyzen, W., Meikle, J., Finernan, P., Furniss, J., Mcmaster, E., Law, A., Paterson, T., Wackett, T., Armstrong, R., Murphy, L., Fawkes, A., Clark, R., Coutts, A., Donnelly, L., Gilchrist, T., Hafezi, K., Macgillivray, L., Maclean, A., Mccafferty, S., Morrice, K., Weaver, J., Boz, C., Golightly, A., Ward, M., Mal, H., Szoor-Mcelhinney, H., Brown, A., Hendry, R., Stenhouse, A., Cullum, L., Law, D., Law, S., Law, R., Swets, M., Day, N., Taneski, F., Duncan, E., Zechner, M., Parkinson, N., Klaric, L., Bretherick, A. D., Rawlik, K., Pasko, D., Walker, S., Fourman, M. H., Russell, C. D., Richmond, A., Gountouna, E., Harrison, D., Wang, B., Wu, Y., Meynert, A., Kousathanas, A., Moutsianas, L., Yang, Z., Zhai, R., Zheng, C., Grimes, G., Shih, B., Yang, J., Shen, X., Ponting, C. P., Tenesa, A., Vitart, V., Wilson, J. F., Collier, D., Wood, S., Zak, A., Borra, C., Matharu, M., May, P., Alldis, Z., Mitchelmore, O., Bowles, R., Easthorpe, A., Bibi, F., Lancoma-Malcolm, I., Gurasashvili, J., Pheby, J., Shiel, J., Bolton, M., Patel, M., Taylor, M., Zongo, O., Ebano, P., Harding, P., Astin-Chamberlain, R., Choudhury, Y., Cox, A., Kallon, D., Burton, M., Hall, R., Blowes, S., Prime, Z., Biddle, J., Prysyazhna, O., Newman, T., Tierney, C., Kassam, J., Ostermann, M., Campos, S., Bociek, A., Lim, R., Grau, N., Jones, T. O., Whitton, C., Marotti, M., Arbane, G., Bonner, S., Hugill, K., Reid, J., Welters, I., Waugh, V., Williams, K., Shaw, D., Fernandez Roman, J., Lopez Martinez, M., Johnson, E., Waite, A., Johnson, B., Hamilton, O., Mulla, S., Mcphail, M., Smith, J., Barclay, L., Hope, D., Mcculloch, C., Mcquillan, L., Clark, S., Singleton, J., Priestley, K., Rea, N., Callaghan, M., Campbell, R., Andrew, G., Marshall, L., Mckechnie, S., Hutton, P., Bashyal, A., Davidson, N., Summers, C., Polgarova, P., Stroud, K., Pathan, N., Elston, K., Agrawal, S., Battle, C., Newey, L., Rees, T., Harford, R., Brinkworth, E., Williams, M., Murphy, C., White, I., Croft, M., Bandla, N., Gellamucho, M., Tomlinson, J., Turner, H., Davies, M., Quinn, A., Hussain, I., Thompson, C., Parker, H., Bradley, R., Griffiths, R., Scriven, J., Gill, J., Puxty, A., Cathcart, S., Salutous, D., Turner, L., Duffy, K., Puxty, K., Joseph, A., Herdman-Grant, R., Simms, R., Swain, A., Naranjo, A., Crowe, R., Sollesta, K., Loveridge, A., Baptista, D., Morino, E., Davey, M., Golden, D., Jones, J., Moreno Cuesta, J., Haldeos, A., Bakthavatsalam, D., Vincent, R., Elhassan, M., Xavier, K., Ganesan, A., Purohit, D., Abdelrazik, M., Morgan, J., Akeroyd, L., Bano, S., Warren, D., Bromley, M., Sellick, K., Gurr, L., Wilkinson, B., Nagarajan, V., Szedlak, P., Cupitt, J., Stoddard, E., Benham, L., Preston, S., Slawson, N., Bradshaw, Z., Brown, J., Caswell, M., Melling, S., Bamford, P., Faulkner, M., Cawley, K., Jeffrey, H., London, E., Sainsbury, H., Nagra, I., Nasir, F., Dunmore, C., Jones, R., Abraheem, A., Al-Moasseb, M., Girach, R., Brantwood, C., Alexander, P., Bradley-Potts, J., Allen, S., Felton, T., Manna, S., Farnell-Ward, S., Leaver, S., Queiroz, J., Maccacari, E., Dawson, D., Castro Delgado, C., Pepermans Saluzzio, R., Ezeobu, O., Ding, L., Sicat, C., Kanu, R., Durrant, G., Texeira, J., Harrison, A., Samakomva, T., Willis, H., Hopkins, B., Thrasyvoulou, L., Jackson, M., Zaki, A., Tibke, C., Bennett, S., Woodyatt, W., Kent, A., Goodwin, E., Brandwood, C., Clark, R., Smit, L., Rooney, K., Thomson, N., Rodden, N., Hughes, E., Mcglynn, D., Clark, C., Clark, P., Abel, L., Sundaram, R., Gemmell, L., Brett, M., Hornsby, J., Macgoey, P., Price, R., Digby, B., O'Neil, P., Mcconnell, P., Henderson, P., Henderson, S., Sim, M., Kennedy-Hay, S., Mcparland, C., Rooney, L., Baxter, N., Pogson, D., Rose, S., Daly, Z., Brimfield, L., Phull, M. K., Hussain, M., Pogreban, T., Rosaroso, L., Salciute, E., Grauslyte, L., Brealey, D., Wraith, E., Maccallum, N., Bercades, G., Hass, I., Smyth, D., Reyes, A., Martir, G., Clement, I. D., Webster, K., Hays, C., Gulati, A., Hodgson, L., Margarson, M., Gomez, R., Baird, Y., Thirlwall, Y., Folkes, L., Butler, A., Meadows, E., Moore, S., Raynard, D., Fox, H., Riddles, L., King, K., Kimber, S., Hobden, G., Mccarthy, A., Cannons, V., Balagosa, I., Chadbourn, I., Gardner, A., Horner, D., Mclaughlanv, D., Charles, B., Proudfoot, N., Marsden, T., Mcmorrow, L., Blackledge, B., Pendlebury, J., Harvey, A., Apetri, E., Basikolo, C., Catlow, L., Doonan, R., Knowles, K., Lee, S., Lomas, D., Lyons, C., Perez, J., Poulaka, M., Slaughter, M., Slevin, K., Taylor, M., Thomas, V., Walker, D., Harris, J., Drummond, A., Tully, R., Dearden, J., Philbin, J., Munt, S., Rishton, C., O'Connor, G., Mulcahy, M., Dobson, E., Cuttler, J., Edward, M., Rose, A., Sloan, B., Buckley, S., Brooke, H., Smithson, E., Charlesworth, R., Sandu, R., Thirumaran, M., Wagstaff, V., Cebrian Suarez, J., Kaliappan, A., Vertue, M., Nicholson, A., Riches, J., Solesbury, A., Kittridge, L., Forsey, M., Maloney, G., Cole, J., Davies, M., Davies, R., Hill, H., Thomas, E., Williams, A., Duffin, D., Player, B., Radhakrishnan, J., Gibson, S., Lyle, A., Mcneela, F., Patel, B., Gummadi, M., Sloane, G., Dormand, N., Salmi, S., Farzad, Z., Cristiano, D., Liyanage, K., Thwaites, V., Varghese, M., Meredith, M., Mills, G., Willson, J., Harrington, K., Lenagh, B., Cawthron, K., Masuko, S., Raithatha, A., Bauchmuller, K., Ahmad, N., Barker, J., Jackson, Y., Kibutu, F., Bird, S., Watson, G., Martin, J., Bevan, E., Wrey Brown, C., Trodd, D., English, K., Bell, G., Wilcox, L., Katary, A., Gopal, S., Lake, V., Harris, N., Metherell, S., Radford, E., Scriven, J., Moore, F., Bancroft, H., Daglish, J., Sangombe, M., Carmody, M., Rhodes, J., Bellamy, M., Garg, A., Kuravi, A., Virgilio, E., Ranga, P., Butler, J., Botfield, L., Dexter, C., Fletcher, J., Shanmugasundaram, P., Hambrook, G., Burn, I., Manso, K., Thornton, D., Tebbutt, J., Penn, R., Hulme, J., Hussain, S., Maqsood, Z., Joseph, S., Colley, J., Hayes, A., Ahmed, C., Haque, R., Clamp, S., Kumar, R., Purewal, M., Baines, B., Frise, M., Jacques, N., Coles, H., Caterson, J., Gurung Rai, S., Brunton, M., Tilney, E., Keating, L., Walden, A., Antcliffe, D., Gordon, A., Templeton, M., Rojo, R., Banach, D., Sousa Arias, S., Fernandez, Z., Coghlan, P., Williams, D., Jardine, C., Bewley, J., Sweet, K., Grimmer, L., Johnson, R., Garland, Z., Gumbrill, B., Phillips, C., Ortiz-Ruiz De Gordoa, L., Peasgood, E., Tridente, A., Shuker, K., Greer, S., Lynch, C., Pothecary, C., Deacon, B., Turner, K., Singh, J., Sera Howe, G., Paul, P., Gill, M., Wynter, I., Ratnam, V., Shelton, S., Naisbitt, J., Melville, J., Baruah, R., Morrison, S., Mcgregor, A., Parris, V., Mpelembue, M., Srikaran, S., Dennis, C., Sukha, A., Williams, A., Verlande, M., Holding, K., Riches, K., Downes, C., Swan, C., Rostron, A., Roy, A., Woods, L., Cornell, S., Wakinshaw, F., Creagh-Brown, B., Blackman, H., Salberg, A., Smith, E., Donlon, S., Mtuwa, S., Michalak-Glinska, N., Stone, S., Beazley, C., Pristopan, V., Nikitas, N., Lankester, L., Wells, C., Raj, A. S., Fletcher, K., Khade, R., Tsinaslanidis, G., Mcmahon, M., Fowler, S., Coventry, T., Stewart, R., Wren, L., Mwaura, E., Mew, L., Rose, A., Scaletta, D., Williams, F., Inweregbu, K., Nicholson, A., Lancaster, N., Cunningham, M., Daniels, A., Harrison, L., Hope, S., Jones, S., Crew, A., Wray, G., Matthews, J., Crawley, R., Carter, J., Birkinshaw, I., Ingham, J., Scott, Z., Howard, K., Joy, R., Roche, S., Clark, M., Purvis, S., Morrison, A., Strachan, D., Taylor, M., Clements, S., Black, K., Parmar, C., Altabaibeh, A., Simpson, K., Mostoles, L., Gilbert, K., Ma, L., Alvaro, A., Thomas, M., Faulkner, B., Worner, R., Hayes, K., Gendall, E., Blakemore, H., Borislavova, B., Goff, E., Vuylsteke, A., Mwaura, L., Zamikula, J., Garner, L., Mitchell, A., Mepham, S., Cagova, L., Fofano, A., Holcombe, H., Praman, K., Szakmany, T., Heron, A. E., Cherian, S., Cutler, S., Roynon-Reed, A., Randell, G., Convery, K., Stammers, K., Fottrell-Gould, D., Hudig, L., Keshetprice, J., Peters, M., O'Neill, L., Ray, S., Belfield, H., Mchugh, T., Jones, G., Akinkugbe, O., Tomas, A., Abaleke, E., Beech, E., Meghari, H., Yussuf, S., Bamford, A., Hairsine, B., Dooks, E., Farquhar, F., Packham, S., Bates, H., Mcparland, C., Armstrong, L., Kaye, C., Allan, A., Medhora, J., Liew, J., Botello, A., Anderson, F., Cusack, R., Golding, H., Prager, K., Williams, T., Leggett, S., Golder, K., Male, M., Jones, O., Criste, K., Marani, M., Anumakonda, V., Amin, V., Karthik, K., Kausar, R., Anastasescu, E., Reid, K., Jacqui, M., Hormis, A., Walker, R., Collier, D., Duncan, T., Uriel, A., Ustianowski, A., T-Michael, H., Bruce, M., Connolly, K., Smith, K., Partridge, R., Griffin, D., Mcdonald, M., Muchenje, N., Martin, D., Filipe, H., Eastgate, C., Jackson, C., Gratrix, A., Foster, L., Martinson, V., Stones, E., Abernathy, C., Parkinson, P., Reed, A., Prendergast, C., Rogers, P., Woodruff, M., Shokkar, R., Kaul, S., Barron, A., Collins, C., Beavis, S., Whileman, A., Dale, K., Hawes, J., Pritchard, K., Gascoyne, R., Stevenson, L., Jha, R., Lim, L., Krishnamurthy, V., Parker, R., Turner-Bone, I., Wilding, L., Reddy, A., Whiteley, S., Wilby, E., Howcroft, C., Aspinwall, A., Charlton, S., Ogg, B., Menzies, D., Pugh, R., Allan, E., Lean, R., Davies, F., Easton, J., Qiu, X., Kumar, S., Darlington, K., Houston, G., O'Brien, P., Geary, T., Allan, J., Meikle, A., Hughes, G., Balasubramaniam, M., Latham, S., Mckenna, E., Flanagan, R., Sathe, S., Davies, E., Roche, L., Chablani, M., Kirkby, A., Netherton, K., Archer, S., Yates, B., Ashbrook-Raby, C., Cole, S., Casey, M., Cabrelli, L., Chapman, S., Casey, M., Austin, P., Hutcheon, A., Whyte, C., Almaden-Boyle, C., Pattison, N., Cruz, C., Vochin, A., Kent, H., Thomas, A., Murdoch, S., David, B., Penacerrada, M., Lubimbi, G., Bastion, V., Wulandari, R., Valentine, J., Clarke, D., Serrano-Ruiz, A., Hierons, S., Ramos, L., Demetriou, C., Mitchard, S., White, K., White, N., Pitts, S., Branney, D., Frankham, J., Watters, M., Langton, H., Prout, R., Page, V., Varghes, T., Cowton, A., Kay, A., Potts, K., Birt, M., Kent, M., Wilkinson, A., Jude, E., Turner, V., Savill, H., Mccormick, J., Clark, M., Coulding, M., Siddiqui, S., Mercer, O., Rehman, H., Potla, D., Capps, N., Donaldson, D., Jones, J., Button, H., Martin, T., Hard, K., Agasou, A., Tonks, L., Arden, T., Boyle, P., Carnahan, M., Strickley, J., Adams, C., Childs, D., Rikunenko, R., Leigh, M., Breekes, M., Wilcox, R., Bowes, A., Tiveran, H., Hurford, F., Summers, J., Carter, A., Hussain, Y., Ting, L., Javaid, A., Motherwell, N., Moore, H., Millward, H., Jose, S., Schunki, N., Noakes, A., Clulow, C., Sadera, G., Jacob, R., Jones, C., Blunt, M., Coton, Z., Curgenven, H., Mohamed Ally, S., Beaumont, K., Elsaadany, M., Fernandes, K., Ali Mohamed Ali, I., Rangarajan, H., Sarathy, V., Selvanayagam, S., Vedage, D., White, M., Smith, M., Truman, N., Chukkambotla, S., Keith, S., Cockerill-Taylor, J., Ryan-Smith, J., Bolton, R., Springle, P., Dykes, J., Thomas, J., Khan, M., Hijazi, M. T., Massey, E., Croston, G., Reschreiter, H., Camsooksai, J., Patch, S., Jenkins, S., Humphrey, C., Wadams, B., Bhatia, N., Msiska, M., Adanini, O., Attwood, B., Parsons, P., Tatham, K., Jhanji, S., Black, E., Dela Rosa, A., Howle, R., Thomas, B., Bemand, T., Raobaikady, R., Saha, R., Staines, N., Daniel, A., Finn, J., Hutter, J., Doble, P., Shovelton, C., Pawley, C., Kannan, T., Hill, M., Combes, E., Monnery, S., Joefield, T., Popescu, M., Thankachen, M., Oblak, M., Little, J., Mcivor, S., Brady, A., Whittle, H., Prady, H., Chan, R., Ahmed, A., Morris, A., Gibson, C., Gordon, E., Keenan, S., Quinn, H., Benyon, S., Marriott, S., Zitter, L., Park, L., Baines, K., Lyons, M., Holland, M., Keenan, N., Young, M., Garrioch, S., Dawson, J., Tolson, M., Scholefield, B., Bi, R., Richardson, N., Schumacher, N., Cosier, T., Millen, G., Higham, A., Simpson, K., Turki, S., Allen, L., Crisp, N., Hazleton, T., Knight, A., Deery, J., Price, C., Turney, S., Tilbey, S., Beranova, E., Wright, D., Georg, L., Twiss, S., Cowton, A., Wadd, S., Postlethwaite, K., Gondo, P., Masunda, B., Kayani, A., Hadebe, B., Whiteside, J., Campbell, R., Clarke, N., Donnison, P., Trim, F., Leadbitter, I., O'Sullivan, S., Purewal, B., Bell, S., Rivers, V., O'Leary, R., Birch, J., Collins, E., Anderson, S., Hammerton, K., Andrews, E., Burns, K., Edmond, I., Salutous, D., Todd, A., Donnachie, J., Turner, P., Prentice, L., Symon, L., Runciman, N., Auld, F., Halkes, M., Mercer, P., Thornton, L., Debreceni, G., Wilkins, J., Brown, A., Crickmore, V., Subramanian, G., Marshall, R., Jennings, C., Latif, M., Bunni, L., Spivey, M., Bean, S., Burt, K., Linnett, V., Ritzema, J., Sanderson, A., Bokhari, M., Kapoor, R., Loader, D., Ayers, A., Harrison, W., North, J., Belagodu, Z., Parasomthy, R., Olufuwa, O., Gherman, A., Fuller, B., Stuart, C., Kelsall, O., Davis, C., Wild, L., Wood, H., Thrush, J., Durie, A., Austin, K., Archer, K., Anderson, P., Vigurs, C., Thorpe, C., Thomas, A., Knights, E., Boyle, N., Price, A., Kubisz-Pudelko, A., Wood, D., Lewis, A., Board, S., Pippard, L., Perry, J., Beesley, K., Rattray, A., Taylor, M., Lee, E., Lennon, L., Douglas, K., Bell, D., Boyle, R., Glass, L., Nauman Akhtar, M., Dent, K., Potoczna, D., Pearson, S., Horsley, E., Spencer, S., Phillips, C., Mullan, D., Skinner, D., Gaylard, J., Ortiz-Ruizdegordoa, L., Barber, R., Hewitt, C., Hilldrith, A., Shepardson, S., Wills, M., Jackson-Lawrence, K., Gupta, A., Easthope, A., Timlick, E., Gorman, C., Otaha, I., Gales, A., Coetzee, S., Raj, M., Peiu, M., Parris, V., Quaid, S., Watson, E., Elliott, K., Mallinson, J., Chandler, B., Turnbull, A., Quinn, A., Finch, C., Holl, C., Cooper, J., Evans, A., Collins, A., Treus Gude, E., Love, N., Van Koutrik, L., Hunt, J., Kaye, D., Fisher, E., Brayne, A., Tuckey, V., Jackson, P., Parkin, J., Brealey, D., Raith, E., Tariq, A., Houlden, H., Tucci, A., Hardy, J., Moncur, E., Highgate, J., Cowley, A., Mitra, A., Stead, R., Behan, T., Burnett, C., Newton, M., Heeney, E., Pollard, R., Hatton, J., Patel, A., Kasipandian, V., Allibone, S., Genetu, R. 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