Quantificazione del DNA con Real-Time PCR e risultati di amplificazione degli short tandem repeats (STRs)

La determinazione della quantità di DNA presente in un campione forense é fondamentale per la maggior parte delle analisi basate sulla PCR perché, se da un lato una quantità eccessiva di templato può provocare la comparsa di picchi aggiuntivi o fuori scala per la tecnica di misurazione, dall’altro, una scarsa quantità può determinare la comparsa di fenomeni stocastici che inficiano la reazione di PCR nonché la successiva interpretazione dei risultati della tipizzazione. Nella comune pratica di laboratorio genetico-forense i risultati di quantificazione forniti dalla Real Time PCR (qPCR) assumono il ruolo di “linea di confine” tra la possibilità per un determinato campione di DNA di essere sottoposto o meno alle fasi analitiche successive, sulla base di una quantità di DNA compresa nell’ intervallo ottimale indicato dal manuale d’uso dello specifico kit utilizzato. Tuttavia, alcuni studi hanno dimostrato che è possibile ottenere dei risultati di tipizzazione anche in presenza di una concentrazione di DNA molto bassa o, paradossalmente, pari a zero (Cupples et al. 2009). Indipendentemente dalla quantità di DNA utilizzata per la quantificazione del campione in esame, software specifici spesso sfruttano la curva standard per calcolare valori di concentrazioni che cadono al di sotto del limite di sensibilità del kit utilizzato. Di conseguenza, , , molti laboratori si trovano a dover affrontare la decisione critica di interrompere le analisi rinunciando alla possibilità di ottenere un profilo genetico seppur parziale, oppure tentare l’amplificazione dell’estratto con la consapevolezza dei rischi interpretativi che ne conseguono. Nel presente lavoro vengono illustrati i risultati della quantificazione mediante qPCR eseguita in numerose campionature da reperti di interesse forense, sottoposte ad estrazione del DNA mediante resina magnetica. Successivamente alla fase quantificativa, gli estratti di DNA venivano sottoposti ad amplificazione e tipizzazione degli STRs mediante kit di ultima generazione, includendo campioni risultati negativi alla quantificazione, al fine di verificare se vi sussista correlazione tra la quantità di DNA rilevata mediante qPCR e la possibilità di ottenere un profilo genetico utile a fini identificativi