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Pancreatic cancer is molecularly diverse, with few effective therapies. Increased mutation burden and defective DNA repair are associated with response to immune checkpoint inhibitors in several other cancer types. We interrogated 385 pancreatic cancer genomes to define hypermutation and its causes. Mutational signatures inferring defects in DNA repair were enriched in those with the highest mutation burdens. Mismatch repair deficiency was identified in 1% of tumors harboring different mechanisms of somatic inactivation of MLH1 and MSH2. Defining mutation load in individual pancreatic cancers and the optimal assay for patient selection may inform clinical trial design for immunotherapy in pancreatic cancer.
Humphris, J. L., Patch, A. -., Nones, K., Bailey, P. J., Johns, A. L., Mckay, S., Chang, D. K., Miller, D. K., Pajic, M., Kassahn, K. S., Quinn, M. C. J., Bruxner, T. J. C., Christ, A. N., Harliwong, I., Idrisoglu, S., Manning, S., Nourse, C., Nourbakhsh, E., Stone, A., Wilson, P. J., Anderson, M., Fink, J. L., Holmes, O., Kazakoff, S., Leonard, C., Newell, F., Waddell, N., Wood, S., Mead, R. S., Xu, Q., Wu, J., Pinese, M., Cowley, M. J., Jones, M. D., Nagrial, A. M., Chin, V. T., Chantrill, L. A., Mawson, A., Chou, A., Scarlett, C. J., Pinho, A. V., Rooman, I., Giry-Laterriere, M., Samra, J. S., Kench, J. G., Merrett, N. D., Toon, C. W., Epari, K., Nguyen, N. Q., Barbour, A., Zeps, N., Jamieson, N. B., Mckay, C. J., Carter, C. R., Dickson, E. J., Graham, J. S., Duthie, F., Oien, K., Hair, J., Morton, J. P., Sansom, O. J., Grutzmann, R., Hruban, R. H., Maitra, A., Iacobuzio-Donahue, C. A., Schulick, R. D., Wolfgang, C. L., Morgan, R. A., Lawlor, R. T., Rusev, B., Corbo, V., Salvia, R., Cataldo, I., Tortora, G., Tempero, M. A., Hofmann, O., Eshleman, J. R., Pilarsky, C., Scarpa, A., Musgrove, E. A., Gill, A. J., Pearson, J. V., Grimmond, S. M., Waddell, N., Biankin, A. V., Hypermutation In Pancreatic Cancer, <<GASTROENTEROLOGY>>, 2017; 152 (1): 68-74. [doi:10.1053/j.gastro.2016.09.060] [http://hdl.handle.net/10807/171762]
Hypermutation In Pancreatic Cancer
Humphris J. L.;Patch A. -M.;Nones K.;Bailey P. J.;Johns A. L.;McKay S.;Chang D. K.;Miller D. K.;Pajic M.;Kassahn K. S.;Quinn M. C. J.;Bruxner T. J. C.;Christ A. N.;Harliwong I.;Idrisoglu S.;Manning S.;Nourse C.;Nourbakhsh E.;Stone A.;Wilson P. J.;Anderson M.;Fink J. L.;Holmes O.;Kazakoff S.;Leonard C.;Newell F.;Waddell N.;Wood S.;Mead R. S.;Xu Q.;Wu J.;Pinese M.;Cowley M. J.;Jones M. D.;Nagrial A. M.;Chin V. T.;Chantrill L. A.;Mawson A.;Chou A.;Scarlett C. J.;Pinho A. V.;Rooman I.;Giry-Laterriere M.;Samra J. S.;Kench J. G.;Merrett N. D.;Toon C. W.;Epari K.;Nguyen N. Q.;Barbour A.;Zeps N.;Jamieson N. B.;McKay C. J.;Carter C. R.;Dickson E. J.;Graham J. S.;Duthie F.;Oien K.;Hair J.;Morton J. P.;Sansom O. J.;Grutzmann R.;Hruban R. H.;Maitra A.;Iacobuzio-Donahue C. A.;Schulick R. D.;Wolfgang C. L.;Morgan R. A.;Lawlor R. T.;Rusev B.;Corbo V.;Salvia R.;Cataldo I.;Tortora, Giampaolo;Tempero M. A.;Hofmann O.;Eshleman J. R.;Pilarsky C.;Scarpa A.;Musgrove E. A.;Gill A. J.;Pearson J. V.;Grimmond S. M.;Waddell N.;Biankin A. V.
2017
Abstract
Pancreatic cancer is molecularly diverse, with few effective therapies. Increased mutation burden and defective DNA repair are associated with response to immune checkpoint inhibitors in several other cancer types. We interrogated 385 pancreatic cancer genomes to define hypermutation and its causes. Mutational signatures inferring defects in DNA repair were enriched in those with the highest mutation burdens. Mismatch repair deficiency was identified in 1% of tumors harboring different mechanisms of somatic inactivation of MLH1 and MSH2. Defining mutation load in individual pancreatic cancers and the optimal assay for patient selection may inform clinical trial design for immunotherapy in pancreatic cancer.
Humphris, J. L., Patch, A. -., Nones, K., Bailey, P. J., Johns, A. L., Mckay, S., Chang, D. K., Miller, D. K., Pajic, M., Kassahn, K. S., Quinn, M. C. J., Bruxner, T. J. C., Christ, A. N., Harliwong, I., Idrisoglu, S., Manning, S., Nourse, C., Nourbakhsh, E., Stone, A., Wilson, P. J., Anderson, M., Fink, J. L., Holmes, O., Kazakoff, S., Leonard, C., Newell, F., Waddell, N., Wood, S., Mead, R. S., Xu, Q., Wu, J., Pinese, M., Cowley, M. J., Jones, M. D., Nagrial, A. M., Chin, V. T., Chantrill, L. A., Mawson, A., Chou, A., Scarlett, C. J., Pinho, A. V., Rooman, I., Giry-Laterriere, M., Samra, J. S., Kench, J. G., Merrett, N. D., Toon, C. W., Epari, K., Nguyen, N. Q., Barbour, A., Zeps, N., Jamieson, N. B., Mckay, C. J., Carter, C. R., Dickson, E. J., Graham, J. S., Duthie, F., Oien, K., Hair, J., Morton, J. P., Sansom, O. J., Grutzmann, R., Hruban, R. H., Maitra, A., Iacobuzio-Donahue, C. A., Schulick, R. D., Wolfgang, C. L., Morgan, R. A., Lawlor, R. T., Rusev, B., Corbo, V., Salvia, R., Cataldo, I., Tortora, G., Tempero, M. A., Hofmann, O., Eshleman, J. R., Pilarsky, C., Scarpa, A., Musgrove, E. A., Gill, A. J., Pearson, J. V., Grimmond, S. M., Waddell, N., Biankin, A. V., Hypermutation In Pancreatic Cancer, <<GASTROENTEROLOGY>>, 2017; 152 (1): 68-74. [doi:10.1053/j.gastro.2016.09.060] [http://hdl.handle.net/10807/171762]
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.